Quần đảo Cook có dân định cư lần đầu tiên vào thế kỷ thứ 6 bởi những người Polynesia di cư từ Tahiti, một hòn đảo cách 1.154 km về phía đông bắc.

Tàu Tây Ban Nha đã đến thăm các đảo trong thế kỷ 16; bản ghi đầu tiên về các đảo xuất hiện vào năm 1595, một trong số đó là đảo Pukapuka bởi thủy thủ người Tây Ban Nha Álvaro de Mendaña de Neira, ông gọi nó là San Bernardo (Saint Bernard). Pedro Fernandes de Queirós, một thuyền trưởng người Bồ Đào Nha làm việc cho Tây Ban Nha, đã thực hiện chuyến cập cảng của người châu Âu đầu tiên được ghi nhận khi ông đặt chân lên Rakahanga vào năm 1606 và ông gọi nó là Gente Hermosa (Người đẹp).

Nhà hàng hải người Anh, thuyền trưởng James Cook đến vào năm 1773 và 1777 và đặt tên cho hòn đảo Manuae là đảo Hervey. Sau đó, tên Quần đảo Hervey được áp dụng cho toàn bộ nhóm phía nam; cái tên "Quần đảo Cook", để vinh danh thuyền trưởng Cook, lần đầu tiên xuất hiện trên biểu đồ hải quân Nga được xuất bản vào những năm 1820.

Các hòn đảo là một khu nghỉ mát phổ biến cho các tàu săn cá voi từ Mỹ, Anh và Úc trong thế kỷ 19. Họ đã đến thăm, từ 1826, để lấy nước, thực phẩm và củi. Những hòn đảo yêu thích của họ là Rarotonga, Aitutaki, Mangaia và Penrhyn.

Quần đảo Cook trở thành một nước bảo hộ của Anh vào năm 1888, phần lớn do lo ngại của cộng đồng rằng Pháp có thể chiếm lãnh thổ vì nó có Tahiti. Vào ngày 6 tháng 9 năm 1900, những người dân đảo đã trình bày một kiến ​​nghị yêu cầu các đảo (bao gồm cả Niue "nếu có thể") nên được sáp nhập thành lãnh thổ của Anh. Vào ngày 8 tháng 9 năm 1900, họ nhượng lại Rarotonga và các đảo khác đã được ký bởi thủ lĩnh và người dân của họ; và bởi một Tuyên ngôn của Anh được ban hành cùng lúc, các đảo được tuyên bố là một phần của Hoàng đế Anh, ngoại trừ Aitutaki. Dường như, mặc dù người dân tự coi mình là chủ thể của Anh, nhưng danh hiệu là không chắc chắn, và hòn đảo đã chính thức bị thôn tính bởi Tuyên ngôn ngày 9 tháng 10 năm 1900. Các hòn đảo được bao gồm trong ranh giới thuộc địa của New Zealand vào năm 1901 theo Lệnh trong Hội đồng theo Đạo luật Ranh giới thuộc địa, 1895 của Vương quốc Anh. Thay đổi ranh giới bắt đầu có hiệu lực vào ngày 11 tháng 6 năm 1901 và Quần đảo Cook đã có mối quan hệ chính thức với New Zealand kể từ đó.

Khi Đạo luật Quốc tịch Anh và Quốc tịch New Zealand 1948 có hiệu lực vào ngày 1 tháng 1 năm 1949, những người dân đảo Cook là những người Anh đã có quốc tịch New Zealand. Đất nước này vẫn là một lãnh thổ phụ thuộc của New Zealand cho đến năm 1965, khi Chính phủ New Zealand quyết định đưa ra tình trạng tự trị cho thuộc địa của mình. Vào năm đó, Albert Henry của Đảng Quần đảo Cook được bầu làm Thủ tướng đầu tiên. Henry lãnh đạo đất nước cho đến khi ông bị buộc tội gian lận phiếu bầu.